Radio Zapote se fundó en el año 2001 cuando la Marcha del Color de la Tierra trajo a los zapatistas a la Cd. de México a discutir la Ley Indígena en el Congreso, lo cual después se convirtiera en un fraude. Sin embargo, durante esa visita un amplio grupo de estudiantes, profesores, trabajadores, comunicadores y gente de la sociedad civil, consideraron que era necesario tener un medio propio para dar a conocer y acompañar las actividades de la caravana zapatista en la lucha que emprendían en aquel momento.
