O Centro oferece dez cursos de graduação (Antropologia, Ciências Sociais, Filosofia, Geografia, Geologia, História, Museologia, Oceanografia e Psicologia e Licenciatura Intercultural Indígena do Sul da Mata Atlântica) e nove de pós-graduação (Antropologia, Filosofia, Geografia, História, Oceanografia, Psicologia, Sociologia Política e Mestrado Profissionalizante em Desastres Naturais). Com projetos de pesquisa sendo desenvolvidos em seus diferentes núcleos, laboratórios e dois INCTs do CNPq, o CFH tem ainda programas de apoio à pesquisa, ao ensino e de extensão, como a sala de leitura José Saramago; as Edições do Bosque; o SAPSI (Serviço de Atendimento Psicológico); o Planetário, vinculado do Departamento de Geociências; o programa Gênero à Distância, que oferece formação de professoras/es do ensino básico, ligado ao Instituto de Estudos de Gênero. Além disso, tem vínculos acadêmicos com o Museu de Arqueologia e Etnologia (MArquE).
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